Выявлены потенциальные причины невоспроизводимости

Пять независимых групп получили разные результаты в эксперименте с лекарственной реакцией, несмотря на совместное использование протоколов, реагентов и клеточных линий. Исследователи определяют технические переменные, которые могут быть виноваты.

Мультилабораторное исследование

Хотя большая часть биологических исследований страдает от недостатка воспроизводимости, ни один из факторов не является движущей силой этой проблемы. В мультилабораторном исследовании, ученые попытались воспроизвести результаты анализа, в котором культивируемые клетки обрабатывались лекарственными средствами против рака. Их отсутствие успеха подчеркивает роль, которую технические переменные играют в способности повторять эксперименты. Ключевым моментом является повышение осведомленности об этой изменчивости и о том, что многие из них будут действительно трудно контролировать. Это особенно важно для проектов, где много данных собирается и сравнивается. Целью программы является разработка высококачественных крупномасштабных наборов данных, которые описывают, как клетки реагируют на различные нарушения, в том числе нокдаун генов, изменения окружающей среды и лекарства.

Культивирование клеток

В первоначальных экспериментах результаты показали, что лекарственные потенции варьировались в 200 раз между группами. Исследователи исследовали причины несоответствующих результатов и определили несколько технических факторов. Например, не все использовали один и тот же метод подсчета клеток, и прямые подсчеты с использованием микроскопа плохо коррелировали с измерением уровней АТФ в лизированных клетках, которые часто используются в качестве прокси для числа клеток. Группы также использовали различные алгоритмы обработки изображений для подсчета живых клеток, и это, похоже, тоже имело значение. Исследователи также определили, что расположение в чашке для культивирования клеток, в которой выращивались клетки, может привести к различиям в результатах между лабораториями. Эти так называемые краевые эффекты возникают из-за неравномерного испарения питательных сред и температурных градиентов. Как только команды решили эти вопросы с помощью более стандартизированного протокола и рандомизации того, какие лунки в планшете обрабатываются лекарственным средством, воспроизводимость экспериментов - как между группами, так и внутри отдельных лабораторий с течением времени - улучшилась. Другая важная часть понимания воспроизводимости состоит в том, что многие эксперименты зависят от некоторого биологического компонента, который остается неизмеренным. Растут ли клетки или умирают в том или ином состоянии. Более подробные измерения этого биологического контекста могут помочь улучшить перевод доклинических данных на эффективные методы лечения.